经过昨天对肿瘤巨噬细胞的刻画后，大家对TAM应该有了个全面的了解了，也纷纷在表单中留言咨询与之相关的项目，那么今天就跟大家分享下巨噬细胞在生信分析中的花式做法

非肿瘤疾病篇

昨天跟大家分析了巨噬细胞在各种非肿瘤疾病中的重要角色，不知道研究这些疾病的亲们有没有对自己研究的疾病在巨噬细胞的方向继续做专向调研，没有的话要抓紧了！

因为很多非肿瘤疾病的严重程度跟巨噬细胞极化相关，所以小编给大家推荐的非肿瘤疾病的巨噬细胞个性化思路当然是巨噬细胞分型识别+潜在药物挖掘：基于反卷积法计算样本的各个巨噬细胞类型比例；通过聚类识别疾病中的巨噬细胞相关亚型，分析不同的亚型巨噬细胞类型的差异关联表型的差异；针对于表型特异性巨噬细胞marker做潜在的药物筛选，达到个性化治疗效果。

当然还有其它次选思路或者有自己的想法可以直接联系

非肿瘤疾病巨噬细胞

个性化课题设计

（需要新创建一个）

肿瘤篇

研究肿瘤的方式就要比非肿瘤疾病多了，因为不仅能做分型还能做预后，小编经过文献调研也给大家粗略总结了几个方向

预后signature+ceRNA

分型+免疫治疗

单细胞巨噬细胞互作分析

bulk+scRNA研究TAM的高分思路（见昨天副推）

如果对对生信不太懂，不能get到小编的意思那么也可以扫码，进行更细节的沟通

肿瘤相关巨噬细胞

个性化课题设计

接下来小编将会给大家细节展示近期一个肿瘤研究TAM的文章，文章于今年9.13发表于Frontiers in Immunology（IF：8.7）

构建M2型肿瘤巨噬细胞相关marker预后signature揭示肝细胞癌中免疫景观和潜在用药

流程图（提示：尽量把所作工作丰富、清晰明了展示给审稿人）

数据：

bulk RNA：TCGA-LIHC（训练集） 、GSE76427+ICGC-LIRI-JP（去批次效应作为测试集）

sc-RNA：GSE125449 

结果：

一、结合WGCNA筛选肝细胞癌M2型巨噬细胞marker

1、CIBERSORTx计算了M1、M2型巨噬细胞比例，K-M曲线分析对于HCC的预后价值（AB图；M2型结果更适合分析遂分析M2型巨噬细胞：M2型抑制免疫，高的浸润水平预后更差）

2、WGCNA筛选M2型巨噬细胞关键模块和基因（红色模块405基因；C-G图）

单细胞队列筛选TAM marker

对单细胞数据进行质控（A-E图）

t-SNE降维及细胞注释（免疫和非免疫细胞；FG图）

筛选得到M2型TAM-related genes 2047个

结合bulk RNA 和scRNA数据共同筛选M2型TAM相关的预后marker

M2型TAM相关marker（二和三的结果取交集；图A）

Cox回归筛选预后相关M2型TAM marker,进一步使用lasso回归筛选预后signature组成的关键因子（8个关键的M2型TAM marker；图BC）

对筛选到的M2型TAM marker进行功能注释（图D）

对筛选到的M2型TAM marker进行聚类分析，识别肝细胞癌M2型巨噬细胞相关亚型，并做生存差异展示（图E-H）

M2型TAM相关预后signature

1、根据关键的M2型TAM相关marker lasso回归系数和表达计算预后signature风险评分，根据最佳cutoff将HCC划分高低风险分组，评估M2型TAM相关预后signature的预测效能（图A-C）

2、预后signature可作为HCC的独立预后因子（单因素和多因素cox回归；图DE）

3、预后signature与其他预测指标的C-index指数比较（图F）

4、预后signature关联的GSEA功能研究（图G）

M2型TAM相关预后signature预测效能的外部独立数据集验证

1、在ICGA和GEO队列合并的测试集中预后signature展示出与训练集同样显著预测效能（图A-C）

2、结合其它的临床因素和预后signature构建列线图更全面评估HCC患者预后（图D-F）

M2型TAM相关预后signature的临床病理学特征分析

1、预后signature高低风险分组间临床病理特征分布差异展示（图AB）

2、在不同的临床病理学特征中，预后signature 任然是高风险评分组生存显著比低风险组更差（图C-J）

M2型TAM相关预后signature相关的免疫细胞、免疫功能、免疫治疗前景

1、预后signature高低风险分组间免疫细胞浸润差异展示（图A）

2、预后signature高低风险分组间在不同的免疫功能上的差异展示（图B）

3、预后signature高低风险分组间免疫治疗指标和检查点表达差异（图CD）

M2型TAM相关预后signature相关的潜在抗癌药物

1、预后signature包含的因子与化疗药物敏感性的相关性展示（图A）

2、预后更差的高风险分组10种潜在治疗药物的筛选（图B-K）

M2型TAM相关预后signature包含的特征基因组织表达展示

1、预后signature包含因子在 肝细胞癌患者 vs 正常样本 中的差异展示（图A）

2、预后signature包含因子在 肝细胞癌患者 vs 配对正常样本 中的差异展示（图B-F）

小结：

这篇研究肝细胞癌M2型巨噬细胞预后signature的文章到这里就分享结束了。虽然frontiers系列期刊饱受质疑，但是Frontiers in Immunology还是相对靠谱的，那么一点实验也没做影响因子为什么能到8分，小编大胆的猜测了下：

涉及单细胞分析，虽然不多但是架不住趋势就是这样，多维度审稿人也喜欢

分析方法和内容较全：WGCNA、聚类、lasso、单细胞、功能、预后、耐药、TME

最重要的还是火爆的：肿瘤相关巨噬细胞

当然简单的、复杂的各种TAM思路我们都有，看你怎么选择了