小伙伴们大家好，今天要为大家介绍的是于2020年11月刚刚发表于cancers（IF=6.126）的文章，作者是巴西的研究人员。1、文章摘要理解miRNA在癌症中的作用非常重要，但是一直以来都很有挑战性，因为在大多数情况下，唯一可用的组织是肿瘤及其癌旁肿瘤的组织。事实上，这种情况可能会影响对癌症的分析，包括对乙状结肠癌症的分析，因为癌旁并不是真正意义上的健康组织。所以在本文中，作者采用系统的标准选择健康人和乙状结肠癌患者，探究癌旁组织、健康组织以及肿瘤组织三者之间存在的分子改变。根据基因富集分析，所有发现的miRNA 都参与了致癌过程。所以作者建议未来的癌症研究应该考虑的分析中同时使用这三种组织，以及建立一个健康个体 miRNA 表达谱的数据库。2、结果解读作者搜集的结肠癌样本被分为两组: 健康个体和癌症患者，健康个体接受结肠镜检查。活检组织检查没有发现任何改变。癌症患者的组织来自于那些没有癌症诊断和没有临床干预(手术、放射治疗、化疗、免疫治疗或靶向治疗)的病人。最终包括了21个新鲜的结肠组织样本。其中乙状结肠癌组织7例，癌旁组织7例(ADJ，距肿瘤约5ー10cm，避开坏死组织) ，健康人乙状结肠组织7例。  然后作者同时进行了RNA-seq和miRNA-seq,并使用HTSeq根据miRbase的人类注释（v20）对成熟miRNA序列进行量化，差异表达分析使用的则是DESeq2软件包，p-value < 0.05 并且LogFC > 2的miRNA被认定为差异表达，作者一共鉴定出了20个差异表达的miRNA，如下面的火山图所示，随后，作者将他们的结果与以前的研究进行了比较。发现除hsa-miR-125b-2-3p，hsa-miR-1248，hsa-miR-190a-5p和hsa-miR-424-5p以外，大多数差异表达miRNA以前都已经在CRC的相关文献被报道过。而这3个新发现的CRC相关的miRNA可能是潜在的新型生物标志物。接着作者还使用TCGA miRNA-Seq数据进行了比较分析，以进行比较–数据挖掘工作。总的来说，在SCC与ADJ和TCGA的比较中发现了9个共同且表达模式相同的差异表达miRNA

20个差异表达miRNA组用于执行主成分判别分析（A）和热图（B）。两项分析均显示出这些miRNA可以区分每组样品（SCH，ADJ和SCC）的证据，表明其高特异性。这也表明癌旁组织与健康组织和肿瘤组织具有不同的表达，不能被认为是正常组织。为了更好地了解哪些途径可能与差异表达miRNA相关，作者对其靶基因进行了功能分析。发现miRTarBase和miRTargetLink Human之间共有816个靶基因。从这些中，选择了761个基因进行进一步研究，因为根据HPA数据库，它们在CRC和健康结肠中表达（下图）。总体而言，这些基因参与了几个与癌症相关的过程，例如炎症，DNA修复，细胞周期和程序性细胞死亡。此外，作者还通过每个比较（SCC对SCH；ADJ对SCH和SCC对ADJ）进行了功能基因集富集分析，从而产生了50条富集途径（）。在第一个比较中（SCC与SCH），发现p53信号通路高度富集，表明其四个差异表达miRNA与细胞生长和死亡有关。随后，在这50条通路中，作者选择了与癌症相关的23条通路中的一部分进行探索。在TCGA（SCC和ADJ样本）和GTEx（SCH样本）中搜索了这23条通路中的每条通路的基因，并进行了差异表达分析-数据挖掘工作流程如所示。使用与以前相同的比较（SCC与 SCH；ADJ与SCH；SCC与ADJ），发现了33个差异表达的基因，这些基因与23种途径的子集有关,然后，根据的三个比较SCC与SCH（），ADJ与SCH（0），SCC与ADJ，构建了涉及这33个基因和20个差异表达miRNA的三个miRNA基因调控网络。3 总结总而言之，这篇文章的结果表明20种差异表达miRNA可以区分此处评估的结肠癌的三种类型的组织（SCC，SCH和ADJ）。此外，发现了与这些miRNA可能参与的致癌过程相关的丰富途径，这表明与肿瘤相邻的组织可能已经发生分子改变。所以癌旁不能被认为是健康的，在病例对照研究中纳入健康的非癌组织也很重要，因为它可以更好地了解恶性转化过程中发生的分子变化。总体而言，这些发现可能有助于寻找生物标志物以预防癌症的发展，从而使其能够早日发现。进一步的验证可以确认这种适用性。此外，作者强烈建议未来的癌症研究在分析中考虑使用这三个组织，并且创建健康个体的miRNA表达谱数据库。欢迎关注转录组 | 甲基化 | 重测序 | 单细胞 | m6A|多组学  cytoscape | limma | WGCNA |水熊虫传奇|linux电泳 | PCR | 测序简史 | 核型 | NIPT | 基础实验 基因| 2019-nCoV | 富集分析 | 联合分析 |微环境 瘟疫追凶| 思路汇总| 学者| 科研 | 撤稿 | 读博|基因