一、线粒体和叶绿体基因组组装

叶绿体基因组组装步骤

线粒体基因组测序策略和方法

线粒体常规分析简介

揭开线粒体基因组的面纱

二、已发表线粒体叶绿体基因组汇总

1. 线粒体基因组数据库：

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?opt=organelle&taxid=2759

2. 叶绿体基因组数据库

http://rocaplab.ocean.washington.edu/tools/cpbase

网址：https://www.ncbi.nlm.nih.gov/genomes/GenomesGroup.cgi?opt=plastid&taxid=2759&sort=Genome

 三、线粒体叶绿体注释及可视化

1.动物线粒体注释

MITOS: Improved de novo Metazoan Mitochondrial Genome Annotation

网址：http://mitos2.bioinf.uni-leipzig.de/index.py

2.植物线粒体注释

 Alverson et al. 2010. Insights into the evolution of mitochondrial genome sizefrom complete sequences of Citrullus lanatus and Cucurbita pepo (Cucurbitaceae).Mol Biol Evol 27, 1436-1448

网址：http://dogma.ccbb.utexas.edu/mitofy/

3. 植物叶绿体动物线粒体注释

Automatic annotation of organellar genomes with DOGMA. Wyman SK, Jansen RK, Boore JL,Bioinformatics 200420(17):3252-3255

网址：http://dogma.ccbb.utexas.edu/

4. 叶绿体注释及可视化工具

CpGAVAS: Chloroplast Genome Annotation, Visualization, Analysis and GenBank Submission Tool.

网址：http://www.herbalgenomics.org/0506/cpgavas/analyzer/home

5.圈图-GenomeVx

Conant, G. C., and K. H. Wolfe. (2007) GenomeVx: Simple web-based creation of editable circular chromosome maps, Bioinformatics, in press. 

网址： http://wolfe.ucd.ie/GenomeVx/

6. 圈图-OrganellarGenomeDRAW

OrganellarGenomeDRAW--a suite of tools for generating physical maps of plastid and mitochondrial genomes and visualizing expression data sets.Lohse, M., Drechsel, O., Kahlau, S. and Bock, R. Nucl. Acids Res. (2013)10.1093/nar/gkt289

网址：http://ogdraw.mpimp-golm.mpg.de/index.shtml

欢迎关注