1.分子钟：分子水平的恒速变异，或分子进化速率在不同种系中恒定。

2.中性理论：

（1）进化过程中的核苷酸置换绝大部分是中性或者接近中性的突变随机固定的结果，而不是正向达尔文选择的结果。

（2）许多蛋白质多态性必须在选择上为中性或者接近中性，并在群体中由突变维持平衡。

3.同源性状：两个物种中有两个性状(状态)满足以下两个条件中的任意一个:

a.它们与这些物种的及先类群中所发现的某个性状相同；

b.它们是具有祖先—后裔关系的不同性状。

直系同源的序列因物种形成（speciation）而被区分开：若一个基因原先存在于某个物种，而该物种分化为了两个物种，那么新物种中的基因是直系同源的。

旁系同源的序列因基因复制（gene duplication）而被区分开：若生物体中的某个基因被复制了，那么两个副本序列就是旁系同源的。

直系同源的一对序列称为直系同源体（orthologs），旁系同源的一对序列称为旁系同源体（paralogs）。（通常用orthmcl软件对同源蛋白做聚类，来区分。俗称基因家族分析）

前者反映基因进化历史，后者反映物种血统上的同源性 。

异同源指相似基因的水平转移（similar sequences that have arisen out of Horizontal gene transfer），有机体间采用其他方式传递的基因，如被病毒注入的基因 。

多异同源指基因组中拥有两个或更多的外源基因拷贝。

异同源可以部分反映基因进化的历史

4．祖先类群：如果一个类群(物种)至少有一个子裔类群，这个原始的类群就称为祖先类群。

5．单系类群： 包含一个祖先类群所有子裔的群组称为单系类群，其成员间存在共同祖先关系。

6．并系类群和复系类群：不满足单系类群要求，各成员间又具有共同祖先特征的群组称为并系类群；各成员既不具有共同衍生特征也不具有共同祖先特征，只具有同型特征的分类群组称为复系类群。

7．内类群和外类群：一项研究所涉及的某一特定类群可称为内类群；不包括在内类群中又与之有一定关系的类群可称为外类群。外类群的建立是为了比较内类群中各成员的特征差异。在实际研究中，还可以选两个或两个以上的外类群作为复合外类群。

8．姊妹群：与某一类群在谱系关系上最为密切的类群称为妹妹群。姊妹群是单系类群的一种常见类型。

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