mRNA、miRNA联合研究肝癌预后

admin 3 2025-02-06 编辑

今天跟大家分享一篇发表在OncoTargets and Therapy上的纯生信的文章。弱弱的说下这个杂志貌似现在一步一步的升到了3了。大家投3分左右的杂志，可以考虑这了。整个文章看起来是比较简单的，思路比较清楚。利用GEO数据库下载了两套mRNA表达谱数据，下载了两套miRNA表达谱数据。然后分别筛选差异基因和差异的miRNA，然后KEGG、GO富集分析。然后利用cytoscape构建蛋白互作和miRNA-gene网络。然后利用MCODE进行模块挖掘和hub基因确定，然后KM生存分析。一、下载数据mRNA：GSE84006, GSE14323,GSE14811miRNA：GSE40744,GSE36915

二差异分析Identification of DEGs and DE miRNAs

三、Functional and pathway enrichmentanalysis

四、Construction of PPI network and analysis of modules

五、hub 基因

六、Prediction of miRNA targets and prognosis analysis

经典预后的分析，基本都是一个思路，筛选差异基因，降维（各种回归，各种模型，各种网络结合），然后结合预后或者分型。同期这个期刊上还有另外一篇关于预后的纯生信分析。所以经典预后的分析还是有前景的，小伙伴们加油吧。

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