大家好，针对目前大家在社区上提的问题。小编今日又一次以小白的身份完成了从下载GEO数据到批量运行生存分析。

过程中踩了很多坑，这里先向团队的码农，扔两箱炸弹。

然后小编带着大家走一遍生存分析。

一、数据下载

打开GEO，选择GSE17538 数据，然后下载MINiML。

二、格式转化

然后导入GEO_Convert.exe 工具。

导出样本信息数据和数据矩阵。

三、格式修改（可以防止踩大坑）

利用excel打开样本信息文本。

坑1：建议将将要用到的时间列和状态列名字改短。否则在工具中打不开。overall_event、overall survival follow-up time。

坑2：GEO的数据中一般是利用0代表 生存，1代表死亡。但是有些数据不是这样的，所以这里需要对death和no death 进行替换。否则会报错。

坑3：最大的坑就是某些特殊符号。这个时间列和状态列存在特殊符号比如；、，等。这些都是特殊符号需要替换掉。建议如果没有多次随访信息，直接替换掉全部特殊字符。

最后处理之后的表格：

然后保存，进入最后的生存分析部分。

四、生存分析

打开小工具生存分析

导入表达数据和样本信息。

选择数据来源为GEO（默认也是GEO，请忽略截图）

然后选择状态列为stat列（0,1）

时间列选择为os-time（主要选择时间单位年、月、日）

然后点击导出结果。

然后导出表格如下，看到是不是很亲切，是的，这个表格可以放在文章里的。然后细心的童鞋会

发现这里已经按照P值进行过排序了（拿走，不写）。

另外软件中可以交互的看每个基因生存分析的关系。

这个图同样可以导出矢量图，可以自主调整颜色放在文章里的。