在原核生物中，基因往往具有特定且容易识别的启动子序列（信号），如Pribnow盒和转录因子。与此同时，构成蛋白质编码的序列构成一个连续的开放阅读框（内容），其长度约为数百个到数千个碱基对（依据该长度区间可以筛选合适的密码子）。除此之外，原核生物的蛋白质编码还具有其他一些容易判别的统计学的特征。这使得对原核生物的基因预测能达到相对较高的精度。从头计算法现在平均准确度能够达到90%以上，它的正确率主要受着几个方面的影响：genomic islands of differing GC content，pseudogenes and genes with programmed or artificial frameshifts。

MetaGeneAnnotator主要用于原核生物，细菌和古菌，可以是基于预测和宏基因组预测 网页版的总长度不能超过10M 。建议下载该软件解压缩，终端输入如下命令 >/mga所在文件夹/mga/序列所在文件/[multi-fasta]  <-m/-s>

-m: multiple species (sequences are individually treated)

-s: single species (sequences are treated as a unit)

MetaGeneMark预测的范围是细菌和古菌(网页版 http://exon.gatech.edu/metagenome/Prediction/)。:，使用方法参照上面的metageneannotator和解压缩后的readme。

Example 1:

gmhmmp -m MetaGeneMark_v1.mod sequence.mfa 

Predictions will be in file "sequence.mfa.lst" in default GeneMark.hmm format

Example 2:

gmhmmp -a -d -f G -m MetaGeneMark_v1.mod -o sequence.gff sequence.mfa

Predictions will be in file "sequence.gff" in GFF format with nucleotide and protein sequences for each predicted gene. 

其中为sequence.gff生成文件，sequence.mfa为输入文件。

以上就是预测出宏基因组的两个常用的软件，使用起来都比较容易，但是在预测orf后，我们需要对一些脚本来统计数据和分类以便下一步分析。

Prodial (Prokaryotic Gene Prediction Program)（： http://code.google.com/p/prodigal/downloads/list）

prodial -a 生成文件 -i 输入文件 -m -o tmp.txt -p meta 

Usage:  prodigal [-a trans_file] [-c] [-d nuc_file] [-f output_type]

[-g tr_table] [-h] [-i input_file] [-m] [-n] [-o output_file]

[-p mode] [-q] [-s start_file] [-t training_file] [-v]

-a:  Write protein translations to the selected file.

-c:  Closed ends.  Do not allow genes to run off edges.

-d:  Write nucleotide sequences of genes to the selected file.

-f:  Select output format (gbk, gff, or sco).  Default is gbk.

-g:  Specify a translation table to use (default 11).

-h:  Print help menu and exit.

-i:  Specify input file (default reads from stdin).

-m:  Treat runs  of n's as  masked sequence  and do not  build genes across  them.

-n:  Bypass the Shine-Dalgarno trainer and force the program to scan for motifs.

-o:  Specify output file (default writes to stdout).

-p:  Select procedure (single or meta).  Default is single.

-q:  Run quietly (suppress normal stderr output).

-s:  Write all potential genes (with scores) to the selected file.

-t:  Write a training file (if none exists);otherwise, read and use the specified training file.

-v:  Print version number and exit.

针对原核生物基因注释工具，预测的结果包括：short genes, long genes, unique genes, dubious genes, broken genes, interrupted genes and putative missed genes。