SCI可能是好多人的梦想，但对于对于我们生息小白或者纯实验的来说，短时间搞个SCI文章还是比较难的。

废话不多说，小编今天论述一个研究方向-可变剪接分析（AS），帮你轻松拿SCI文章。

这是2014年发在Plant Cell上的文章，主要做了大豆全基因组可变剪接（AS）的鉴定与分析。可谓纯生信分析，发的高水平文章（IF=9.338,2014年），至今仍有借鉴意义。

在此文中作者主要使用了来自不同发育阶段的28个样品的RNA-seq的数据来鉴定整个基因组水平的可变剪接事件，共发现超过63％的多外显子基因发生了AS。对于相同组织类型，早期发育的阶段基因的AS事件要多于晚期发育阶段。对整个基因组中AS事件分析，表明AS发生的频率与基因结构特征和转录活性有很显著的相关性。Duplicate基因发生AS事件的频率减少，主要与于内含子长度，外显子数目和转录水平的降低有关。最后作者得到一个结论是大豆基因组中很多基因发生了AS事件，并且基因结构和转录水平的变化调控AS的发生。

2015年AS又出现在Plant Cell上，主要做了植物病毒相互作用中二穗短柄草的可变剪接（AS）的事件变化。

在此文中作者采用感染了黍花叶病毒及其卫星病毒的RNAseq数据，获得了二穗短柄草可变剪接（AS）图谱，总共检测到了44,443个转录本，比参考基因组中注释的转录本多30％。28,900个转录本的FPKM>2，42％的多外显子基因发生AS事件。比较二穗短柄草，水稻，玉米，高粱，拟南芥，马铃薯，苜蓿和白杨的AS模式，表明揭单子叶植物和双子叶植物之间AS类型的保守比例。病毒感染二穗短柄草后，从数量上影响了AS事件，但对AS比例影响不大。作者发现了> 100个编码免疫相关基因的AS事件，包括类受体激酶，NB-LRR抗性蛋白，转录因子，RNA沉默和剪接相关蛋白质。最后作者克隆和鉴定了一个富含丝氨酸/精氨酸的剪接因子（SCL33） ，在病毒感染期间鉴定了多种新的内含子保留类型的可变剪接，并且二穗短柄草 SCL33可变剪接模式与远缘拟南芥SCL33也是非常显著的保守的。最后作者总结，这一分析揭示了单子叶和双子叶植物保守的AS事件及与植物防御相关基因的AS事件。

2017年5月发表在Frontiers in Microbiology（IF=4.074）上两个绦虫的AS鉴定与比较分析，进一步阐述了动物也可以进行类似的可变剪接分析，此文分析内容相对简单，发表期刊但仍达到的4分。

在此文中作者对棘球蚴病的两个主要病原体（细粒棘球蚴和多房棘球绦虫）全基因组的AS鉴定。研究显示在这两种寄生虫之间AS的特征是大体一致。鉴定到来自3,774个细粒棘球绦虫基因的6,826个AS事件和来自多房棘球绦虫的3,611个基因的6,644个AS事件，表明在两种寄生虫中有33-36％的基因发生AS事件。引人注目的是，内含子保留类型而不是外显子跳跃类型在棘球绦虫中是AS的主要类型。此外，KEGG分析表明，经历了AS事件的基因在代谢相关的多种途径（如嘌呤，脂肪酸，半乳糖，甘油脂代谢），信号转导（例如，Jak-STAT，VEGF，Notch和GnRH信号传导途径）和遗传信息处理（例如RNA转运和mRNA监控通路）通路上显着富集。最后作者总结这项研究为阐述棘球绦虫转录组复杂性和AS在生命周期中的调控提供了宝贵的资源，同时也为功能和进化研究提供了基础。

2017年5月发表在Frontier in Plant Science（IF=4.2984）上发表了玉米的AS鉴定与不同组织及处理条件下AS的变化。

2017年8月，发表在BMC Genomics（IF=3.729）上的大豆和菜豆可变剪接分析，主要阐释不同类型的AS在基因上的相对位置分布及对基因结构的影响。

在此文中作者在72％的表达基因中鉴定了来自菜豆的的85,570个AS事件和70％来自G.max的表达基因的134,316 各AS事件，这些被分类为7个AS类型。内含子保留为主要的AS类型，其次是 alternative acceptor 和 alternative donor，在两个物种中占所有AS事件的约75％。对两个物种之间的同源基因的保守AS事件分析表明某些类型的AS倾向于影响5'UTR区域。通过RT-PCR对8个保守的AS基因进行了实验验证。 基因的不同位置分布有不同的AS类型。最后作者得出结论AS事件的识别和分析是了解其生物学相关性的第一步，对两个分歧度超过15-20百万年的豆类物种的分析结果显示他们AS的保守性和AS的生物相关性。

后面小编会具体分析每篇文章用到的生物信息学方法，欢迎关注！我们也欢迎大家提供利用公共数据发文章的好的分析方向。

Ps:代理AS的分析奥。

参考文献

1. Shen Y, Zhou Z, Wang Z, et al. Global dissection of alternative splicing in paleopolyploid soybean[J]. Plant Cell, 2014, 26(3):996.

2. Mandadi K K, Scholthof K B. Genome-wide analysis of alternative splicing landscapes modulated during plant-virus interactions in Brachypodium distachyon[J]. Plant Cell, 2015, 27(1):71-85.

3. Liu S, Zhou X, Hao L, et al. Genome-Wide Transcriptome Analysis Reveals Extensive Alternative Splicing Events in the Protoscoleces ofEchinococcus granulosusandEchinococcus multilocularis:[J]. Frontiers in Microbiology, 2017, 8(1):929.

4. Mei W, Liu S, Schnable J C, et al. A Comprehensive Analysis of Alternative Splicing in Paleopolyploid Maize:[J]. Frontiers in Plant Science, 2017, 8:694.

5. Iñiguez L P, Ramírez M, Barbazuk W B, et al. Identification and analysis of alternative splicing events in Phaseolus vulgaris and Glycine max[J]. Bmc Genomics, 2017, 18(1):650.

欢迎关注