LANCET ONCOLOGY在今年二月份发表了一篇关于中国感染新冠的癌症患者的分析。基于一个前瞻性队列,研究人员指出由于恶性
肿瘤和抗癌治疗(例如化学疗法或手术)引起的全身
免疫抑制状态,导致癌症患者比无癌症患者更容易受到感染。最近,科研人员以此为出发点,利用大量公共数据评估了烟酸作为抗COVID-19和结直肠癌治疗的可能功能作用和作用机制。文章十一月份发表在BRIEFINGS IN BIOINFORMATICS(IF: 8.99)。
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网络药理学和生物信息学分析确定烟酸和COVID-19的交叉基因作为潜在的治疗靶点 流程图:
一、 摘要:结直肠癌(CRC)患者可能对2019年冠状病毒病(COVID-19)敏感。然而,目前尚无抗CRC/COVID-19治疗方案。由于烟酸是一种具有细胞保护和抗炎症作用的维生素,因此作者利用网络药理学和大量生物信息学分析探索烟酸治疗COVID-19和CRC可能作用和作用机制。 二、 材料方法:TAGA CRC数据;Genecard database, OMIM database, NCBI gene function module获取COVID-19相关基因;TCMSP, Swiss Target Prediction, TargetNet, Batman, Drugbank, HitPick获取烟碱药物靶点;STRING数据库。差异表达分析,单变量cox,多变量cox,预后分析,功能富集,蛋白互作网络,分子对接。 三、 结果:1.TCGA CRC差异表达基因识别与COVID-19基因获取
.CRC/COVID-19交集基因分析2.COVID-19/CRC相关基因的临床病理分析
.CRC/COVID-19相关基因预后分析
. 7个基因的临床预后分析3.烟酸靶点的识别以及与COVID-19/CRC基因的交集
.烟酸与CRC/COVID-19交集基因的功能鉴定4.烟酸与COVID-19和CRC的核心靶点识别
.烟酸与CRC/COVID-19的基因网络分析5.烟酸与COVID-19交集的潜在靶基因的结合
.通过分子对接分析烟酸与COVID-19及核心靶点IL1B的结合
总结:
CRC患者在当前管理无效的情况下,可能容易感染COVID-19。因此,CRC患者COVID-19的发生可能会使治疗结果恶化,降低患者的生存率。在之前的文献分析中,烟酸显示出对CRC细胞的有益作用,因此,根据烟酸对病毒的抑制作用,作者推测烟酸可能在CRC合并COVID-19患者中发挥强大的药理活性。综合起来,生物信息学和计算发现强调抗病毒、抗感染和
免疫调节是CRC / COVID-19烟酸治疗的关键靶点/途径。总体来看,作者基于柳叶刀
肿瘤学发表的前瞻性结论,提取有价值的研究热点,利用当前大量的公共数据,通过网络药理学和生物信息学分析,进行了比较完备的分析,是一篇经典的生信分析文章。
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