什么？还是可变剪切？

admin 11 2025-02-04 编辑

从去年就开始推出了可变剪切的课程，到目前已经有一年的时间了，同时在这一年期间我们也由浅入深的分享了许多可变剪切相关的文章，本以为可变剪切回乡一阵风一样刮过，可今天小编浏览文献的时候，发现了这样的一篇文章，虽然整体分析的方式和课程中大体相同，但是细节丰富了许多，值得进一步挖掘下~

Genome-Wide Profiling Reveals the Landscape of Prognostic Alternative Splicing Signatures in Pancreatic Ductal Adenocarcinoma

方法部分主要包含以下几个方面：1、数据获取：TCGA获得PDAC表达谱数据和生存信息，并通过SpliceSeq处理获得PDAC的可变剪切数据，同时在SpliceAid2数据库上获得剪切因子信息。

2、通过单因素cox分析获得AS的PSI值与患者预后（OS和RFS）之间的关系。3、构建预后分析模型，并绘制ROC曲线评估PDAC预后模型的准确性。4、剪切相关网络构建，评估剪接因子的表达水平与AS事件的PSI值之间的潜在关联。

这方法是不是很熟悉，不过结果部分可有不同呦~

1、可变剪切事件的整体概况：UpSet图展示了AS类型/相关基因数以及不同类型间的相互作用。柱状图展示了携带超过三种不同AS类型/相关基因的基因的频率。散点图展示携带超过三种不同AS类型的基因和基因的平均AS PSI值以及在染色体中携带超过三种不同AS类型的基因的分布。

2、与生存相关的AS的识别：柱状图展示了对OS/RFS有利和不良相关的AS事件个数及所占比例。Circos图展示了AS事件在染色体分布的关系。韦恩图展示了与OS/RFS相关的可变剪接事件和基因的重叠。

3、预后模型构建：生存曲线展示了在AS各类型和所有类型中与OS/RFS相关的预测因子构建模型的生存。ROC曲线表示OS/RFS相关的预后模型的准确性。

4、剪接因子与亲本基因的通路网络构建及功能富集分析（采用BiNGO和ClueGO）

5、剪接因子与AS预后预测因子的相关性分析：上方图展示了剪接因子的表达与存活相关AS事件的PSI值之间相关性的显着性。下方图展示了剪接因子的表达与存活相关AS事件的PSI值之间相关性的散点图。

这样的一份可变剪切文章是不是熟悉中又有新的发现，大家一起学习起来吧。