R语言是一门兼备统计和绘图功能的强大工具。有很多成熟的R语言软件包可以让使用者通过相对简单的编程操作来完成具有论文级水平的各类统计图。

本期给大家介绍3个常用的R语言软件包：pheatmap；ggpubr；clusterProfiler。

01

pheatmap：

热图绘制R包

数据使用pheatmap包的测试数据。生成代码及数据（部分截图）如下：

使用R包绘制热图如下：

pheatmap包中含有大量的参数，如颜色、更改图注等。我们可以通过修改参数来达到我们想要的热图。

pheatmap包安装流程：在R软件的界面里输入：install.packages("pheatmap")，然后选择一个中国区的镜像后等待安装。

安装完成后输入library(pheatmap)，加载成功即可使用。

02

ggpubr: 

易学并功能强大统计图绘制软件包

数据使用ggpubr包的测试数据。我们以带有数据分布的箱式图为例，生成代码及数据（部分截图）如下：

使用R包绘制箱线图如下：

ggpubr包安装方式与pheatmap包类似。安装ggpubr时会同时安装ggpubr的依赖包。

03

clusterProfiler：

富集分析及可视化R软件包

数据使用的模拟基因集合，需要注意的是clusterProfiler包输入的基因为gene id（数字形式），常见的gene symbol（字母形式）需要转换。数据部分截图如下：

使用R包绘制的图形如下：

clusterProfiler安装方式与前两个不同，需要使用bioconductor进行安装。

网址：

http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html

使用灰框中的代码进行安装

以上就是本期的生信知识分享。

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