circRNA-disease：手动收集实验支持的circRNA与疾病关联数据库

我们知道，circRNA作为一大类非编码RNA分子在真核生物中转录。随着高通量测序技术和生物信息学方法的进步，识别出大量的circRNA并且circRNA相关数据快速累积，包括注释，表达谱和生物学功能。最近，研究表明circRNA功能失调与多种疾病有关，包括癌症，神经性疾病和心脑血管疾病。因此，circRNA可能是疾病预后和治疗的新型的潜在生物标志物或治疗靶标。然而，仍然无法获得高质量的疾病相关circRNA的公共资源。因此作者开发了circRNA disease，为搜索疾病相关的circRNA提供了用户友好的界面。

下面我们就来介绍这个circRNA数据库——circRNA disease

http://cgga.org.cn:9091/circRNADisease/

circRNA disease使用的流程图：

数据库的详细用法如下:

（1）浏览：

我们可以通过两种方式浏览所有条目：circRNA或疾病。以浏览“膀胱癌”相关的circRNAs为例。要浏览膀胱癌的条目，请单击“疾病”并选择“膀胱癌”选项。浏览结果将显示在右侧面板中。

（2）搜索：

我们可以选择“搜索”菜单来搜索数据库中的数据。在circRNA Disease数据库中，我们可以通过：circRNA，disease，circRNA host gene这三种方式来搜索条目。搜索结果中显示的详细信息：

circRNA信息：circRNA，circRNA表达检测方法，circRNA表达模式，关联体，宿主基因。

疾病信息：疾病，物种，组织和/或细胞系和/或PDX，简要描述circRNA-疾病的关系。

其他信息：文章标题，期刊，出版时间，PubMed ID。

以circHIPK3为例：

（3）下载：

我们可以选择菜单“下载”来下载数据库中的文件。circRNA Disease分别以TEXT和Excel格式提供两种格式的可下载文件。

下载之后的结果：

目前，circRNA Disease包含354条实验支持的circRNA与疾病之间的关联，涉及330个circRNA和48个疾病，其中癌症（54％，26/48）和心脑血管疾病（27％，13/48）。该数据库应成为了解疾病中circRNA分子机制和促进该研究领域发展的宝贵资源。

（4）提交：

我们可以选择“提交”菜单在数据库中提交数据。我们还将鼓励科学家提交实验支持的circRNA-disease关联。

是不是很好用呢？

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