竞争性内源性RNA (ceRNA)参与了各种生物学过程,是一种重要的调控机制,在癌症的治疗中起着重要作用。ceRNA的构建不难,毕竟已经有非常多的靶点预测方法和在线工具。但也因为ceRNA的构建不难,反而增加了ceRNA发文的难度,毕竟都会构建,很难保证你做的比别人要好。看完今天这篇文章,相信你不会构建完ceRNA,只简单刻画临床特征。构建完ceRNA,加上抗癌药物的刻画,为文章加分。文章二月份发表在Molecular Therapy-Nucleic Acids(IF: 7.032)。
提供专业、可复现
生信分析

感兴趣扫码!
跨15种抗癌药物与耐药性相关ceRNA的全面刻画
一、摘要:
癌症仍然是世界范围内的主要健康问题。癌症的治疗失败很大程度上归因于耐药性。竞争性内源性RNA(ceRNA)参与各种生物学过程,因此会影响癌症的药物敏感性。但是,尚未进行药物敏感性相关的ceRNA的全面表征。这篇研究,作者构建了15种ceRNA,涵盖15种抗癌药物。并且基于抗癌药物ceRNA识别了一个与患者生存与癌症分期密切相关的交叉网络(ICN)。
二、材料方法:
miRanda,RNAhybrid,TargetScan,PITA,TarBase,miRTarBase,CellMiner,Argonaute-cross-linking和CLIP,LncRNADisease,COSMIC,miR2Disease,HMDD,TRANSFAC
三、结果:1.15种抗癌药物ceRNA全面landscape与比较
2.15种药物ceRNA与癌症hallmark关联
3.15种药物ceRNA网络ICN构建与治疗潜力
4.CAG与ICN中基因互作
5.ICN临床关联
总结:
这篇文章是以药物的角度出发,而不是肿瘤的角度出发。因此,如果你想研究某个癌症的ceRNA,这篇文章的思路会为你的研究增色不少。最后,除了前段时间为大家介绍的一篇单基因角度刻画ceRNA的文章,最近小编又发现一篇肝癌中单基因角度出发刻画ceRNA的文章。并且两篇文章都在7+水平,要是能结合今天这个思路,相信水平还能有所提升。