从画圈开始

前面已经简单的介绍了circos所利用的数据格式文件，接下来跟大家说下circos中最为重要的配置文件。

运行过circos的人都知道，在运行circos画图时，最常用的命令是：

Perl circos -conf  circos.conf

其中这个circos.conf就是主配置文件。

为了使用方便circos的配置文件，往往通过主配置文件外部调用其他配置文件来实现。其中ideogram.conf(染色体配置文件)也就是绘制染色体的配置文件、还有其他的links配置文件、heatmap配置文件等，如果以上内容改动较大的话，往往都放在主配置文件circos.conf中。而其他的比如tick.conf（刻度配置文件）以及color.conf(颜色)、font.conf（字体）等往往改动较小，直接利用circos软件提供的默认配置文件就可以了（这里说的是一般情况下，如果要精美的修图，这里还是需要调整的）。因此circos中最为重要的配置文件也就是染色体配置、links配置、热图等其他配置。下面重点讲解这三部分。

从绘制一个圈开始

首先安利给大家一个配置文件circos.conf：

karyotype=karyotype.human.hg38.txt##染色体数据格式文件

<<include ideogram.conf>>##染色体展示配置文件

<<include links.conf>>#links配置文件（内部含有links数据文件）

<<include hist.conf>>##直方图配置文件（内部含有hist数据文件）

<colors>

<<include etc/colors.conf>>##调用默认的颜色配置文件---这里的作用就是可以知道dgrey是什么颜色

<<include etc/brewer.conf>>##其他颜色配置文件

</colors>

<fonts>

<<include etc/fonts.conf>>##调用默认的字体配置文件

</fonts>

<image>

<<include etc/image.conf>>#调用图片配置文件

</image>

<<include etc/housekeeping.conf>>#调用默认的控制文件

结果展示如下

原谅我没有数据，所以只能随机的生成去做，不好意思。

上图有染色体示意图、links、还有hist。大家熟悉了主配置文件之后，需要针对每一个配置文件进行简单的认识，小编的建议是大家不求都整的明明白白，知道怎么用就行，或者知道那一部分控制哪里就可以啦。在以后的练习中慢慢的体会。

Ideogram配置文件示例

<ideogram>

<spacing> #此标签对用于放置默认的染色体之间的间距。

default = 0.005r  #染色体之间的间距

</spacing>

show_bands = yes  #必须有bands信息才能设置yes（显示）

fill_bands = yes #是否填充

band_transparency = 4 #透明度

radius           = 0.90r #绘制染色体的半径

thickness        = 20p #图形线条的粗细

fill             = yes #是否填充

stroke_color     = dgrey #染色体边线颜色

stroke_thickness = 2p #边线的宽度

show_label       = yes #是否显示标注（染色体的名称）

label_font       = default  #标记（染色体的名称）字体在etc/fonts.conf中查看

label_radius     = 1r + 75p #标记（染色体的名称）显示的位置——染色体圆弧外75p以内的位置

label_size       = 30 #字体大小

label_parallel   = yes #是否（与描述的区域的切线）平行

</ideogram>

当然ideogram中还有很多的参数没有介绍，比如染色体展示的情况，染色体变化的情况等，这里小编建议大家知道circos可以做这些，到时候再找代码就可以啦。

Links文件介绍

<links>

    <link>

        file=circos.link.filter.txt##links数据格式文件

        radius=0.8r##线的半径

color=red##线的颜色，此外还有线的粗细

    </link>

</links>

重点介绍links中和ideogram一样存在一个条件语句

比如如下条件语句，意思就是最后一列的id如果是hs1，那么其填充颜色为蓝色，边框颜色也是蓝色。

 <rules>

    <rule>

condition = var(id) eq "hs1"

color=blue

fill_color=blue

    </rule>

    </rules>

Hist配置文件介绍

<plots>

    <plot>

        file=all.new.txt##导入hist数据文件

        r0=0.89r#内环半径

        r1=0.99r#外环半径

        type=histogram##数据展示情况，可以选择直方图、直线、散点、热图等

color=yellow#边框颜色

fill_color=red#填充颜色

<backgrounds>##背景设计

<background>

 color=vvlgrey##背景默认颜色

  y0=0r##控制区域

 y1 =0.5r##控制区域

</background>

<background>

 color=vlgrey##颜色

  y0=0.5r##控制区域，如果没有上限，默认到最大值

</background>

</backgrounds>

    </plot>

</plots>

将上面的四个文件（主配置文件、染色体配置文件、links文件、热图等配置文件）书写完毕，然后放在主配置文件能找到的地方，就可以运行了。

由于circos是调用SVG画图，而SVG画图与诸如 DOM和 XSL 之类的W3C标准是一个整体。所以大家首先理解下大家大学本科学过的网页设计中的静态网页设计之后，再来理解conf配置文件就简单了。

大家如果想尝试下运行跑一下这个图，可以点击原文去百度网盘下载数据和配置文件尝试。

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