肿瘤内部有一小部分细胞具有很强的自我更新能力和致瘤能力，具有干细胞特征，这些细胞被称为癌症干细胞（CSC）。CSC是由成年干细胞突变而来的肿瘤起源细胞，可以通过不断的自我更新和分化产生不同类型的肿瘤细胞，对肿瘤的发生、复发、转移、化学耐药性，对肿瘤发展起促进作用。今天，与以往的干细胞研究不同，这篇文章没有使用干性指数（评估肿瘤细胞与干细胞相似性的指标），是基于CSC相关通路基因对结肠癌的预后进行分型+预后风险模型构建验证+模型的实验验证。现在就让我们来check check下到底做了哪些内容吧，发表杂志：Frontiers in Oncology（IF：4.848）

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癌症干细胞生信分析

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流程图

结果：1、材料准备：GO、TCGA数据库下载癌症干细胞（CSC）相关基因、结肠癌样本数据

２、基于CSC相关基因对疾病样本进行聚类，得到结肠癌干细胞相关分子亚型，分析生存差异以及与已有结肠癌表型的分布差异

3、分子亚型间临床特征分布以及免疫细胞浸润程度差异

4、分子亚型间差异基因筛选（只选择了C1-C2和C1-C3间的差异，忽略C2-C3之间，文章中没有解释，是个谜）

5、差异基因功能、通路富集分析

6、将TCGA-COAD划分训练集和测试集（75% vs 25%），基于训练集构建风险模型（单因素cox回归分析+lasso回归分析）

7、风险模型训练集预测效能展示（P<0.05, AUC>0.6）

8、风险模型内部测试集预测效能鲁棒性评估（P<0.05, AUC>0.6）

9、风险模型外部独立测试集效能评估（GSE39582、GSE17536）（P<0.05, AUC仅一个小于0.6）

 

10、临床特征预后分析比较

11、风险模型独立预后预测因子评估（单因素+多因素cox）

12、风险评分相关潜在调节通路（ssGSEA）

13、风险模型与其它评分模型比较（用别的模型公式重新计算了训练集样本得分，可见AUC普遍不及本研究）

14、qPCR 测基因表达，验证模型

到这里这篇文章就分享完了，可以说是风险模型公共数据库+湿实验验证的预后分析典范了。文章主要做的工作是收集癌症干细胞相关基因，定义了相关的分型—再基于分型差异基因构建CSC风险预测模型—模型结合临床特征等研究—湿实验验证模型包含基因差异表达以及风险模型。主干清晰明了，内容丰富，这么细节的步骤展示你肯定读懂了，若还不懂小编会吐血而亡香消玉殒。但是主编说不会也没关系，可以扫码可以联系我们！

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