今天给大家推荐一个神器-LocExpress，研究人和小老鼠的有福气了。

摘要

大家都知道转录本的表达存在时空特异性，因此跟其所处的组织和细胞类型相关。目前已有的在线数据库都是之前计算好的表达量，无法实现对新转录本的定量，而传统的组装再定量方法又过于繁琐。

结果

因此我们开发了LocExpress在线定量工具，它可以支持人的多种组织和细胞类型，当然小老鼠也可以，目前大概20中正常人类组织和14中细胞类型。这个工具的好处在于可以对新的转录本采用特定的算法快速定量，这是其他工具所做不到的。几分钟可以计算几百个，是不是很高能。

结论

高能神器体验网站：http：//loc-express.cbi.pku.edu.cn

背景

随着测序成本的降低，越来越多的转录本出现了，但是这些转录本在不同组织内的表达不同，对其定量较为复杂。传统的定量方法较为麻烦，需要先组装，然后全局定量，这样比较耗时，不利于在线快速处理。本文开发了一款工具主要核心在于利用MSB（minimum spanning bundle）圈定比对的read，然后利用STRINGTIE快速定量。

文章已经开发成为工具，现在支持的组织和细胞类型如下。

这个工具的算法流程如下。

对其准确性和运行时间进行评估，结果如下。

其网站打开首先如下，会得到如下矩形图，这个就代表其表达量的高低。

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