有一点点不同的Layout

admin 26 2025-03-29 10:52:08 编辑

最近小编看到一个有一点点不一样的Cytoscape网络图,它长这样~

这个树形一样弯曲的线看着有极大的美感,比起常规的直线连接的网络图多了几分艺术的感觉!

于是小编开始寻寻觅觅~

终于功夫不负有心人,让我逮到了它!

下面我就来简单的介绍下怎么绘制这样的网络图吧!

其实方法很简单,这一切的美感只需要一个插件—yFiles Layout Algorithms。

首先,在Cytoscape中安装yFiles Layout Algorithms

Apps->Install Apps->找到yFiles Layout Algorithms->Install 即可

随后就可以在Layout里看到yFiles Layout Algorithms的全部Layout形式

然后进行常规的节点导入就可以,这里我们采用miRNA以及预测的靶基因构成的miRNA-mRNA网络图(部分数据,减少节点,使网络图看起来更清晰)

数据大体如下:

miRNA-mRNA.txt(节点文件,包含miRNA和mRNA两列)

miRNA-mRNA_table.txt(节点属性文件,节点名称,节点类型,以及可能相关的癌症数量,其中miRNA对应0为了与gene形成区分)

导入后~

然后,我们可以用其中Organic Edge Router这用Layout形式进行布局,形成了边不与节点重叠的网络图。

为了让这个网络图更有美感,我们就可以利用节点属性文件对这个网络图进行修饰,比如根据节点类型将gene设置为圆形,miRNA设置成正方形;将节点颜色根据pancancerNum设置呈渐变得颜色(其中miRNA颜色单独设置);同样可以改变边的颜色,节点的大小等等使网络图边的更美观(注:修改参数过后需要重新设置Layout)。

最终,我们就可以得到有艺术感的网络图啦~

其他的Layout形式,大家可以自己去挖掘呦~

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