1、利用jModelTest建模，记录如输出的结果

2、将利用Dnasp输出的.nex数据转化为txt格式（）。其中111为个体数，334为最长序列碱基对数（bp）。

3、打开PhyML软件，在DOS中输入刚才保存的文件名，如最后一行。回车

4、回车后出现如所示界面，这里面需要注意的是[I]项，因为我们用的是sequential，因此在光标处输入I，然后回车，会发现[I]项后的interlea变为sequential，设置成功后输入+ 回车，进行下一步。

.

Give Attention to D(DNA) and I (sequential),based on my data

11.enter +,as following fig2.

5、因为这里面没有我们想要的模型，因此这一步我们需要设置[M]项（），即模型设置，在光标处输入M，转换模型为Custom（）。

Attention to M, F (no), T(estimated), V(estimated), C(1) based on my data

12.enter + get it as following fig 3

6、在光标处输入K，设置[K]项，即模型设置，如，输入刚才我们计算的模型（）中的partition = 012012中的数值（）.回车后会让你输入如下数值：(如)

R(a) [AC] = 0.8931

R(b) [AG] = 13.5661

R(c) [AT] = 1.0000

R(d) [CG] = 0.8931

R(e) [CT] = 13.5661

R(f) [GT] = 1.0000

注：此时会根据你输入的partition = 012012中的数值让你设置如上六项数值，例如012012即为两两想同，既1=4，2=5，3=6只需输入如中的三项数值即可。

（图中出现的current=0.89为已经输入的结果，这里为看的方便又重新设置了一遍）

7、输入完成后会出现如0结果，这一步继续在光标处输入A，设置Gamma数值，出现Optimise alpha?输入N，回车，输入alpha值，即 gamma shape = 0.2170中的数值，这个软件只识别小数点后2位，四舍五入。

0

8、完成后输入+，回车下一步，如1，继续+，回车。

1

Attention to

13. Enter + we get as following fig 4.

9、如2在光标处输入B，设置bootstrap值为1000.

2

Attention to B(yes,1000)]

15. y enter

10、输入Y，回车，开始运行程序

欢迎关注