小编之前了解到端粒的长短和人的寿命有关系，最近心血来潮查了查相关文献，发现研究端粒和癌症关系的文章还真不少，今天就跟大家分享一下相关文献，最重要的是看看端粒这个方向的生信如何做。

首先我们来了解一下端粒

什么是端粒？

端粒是由端粒DNA、shelterin复合物和端粒酶复合体组成。端粒DNA由一长串双链TTAGGG重复序列组成，通过与其他复合物结合来保护染色体末端。端粒酶可以维持端粒重复序列的长度。Shelterin抑制端粒上的DNA损伤反应(DDR)，从而阻止激酶ATM和ATR的激活，这两种激酶可在DNA双链断裂(DSBs)和其他类型的DNA损伤时诱导细胞周期阻滞, 此外，shelterin可以确保端粒不被几种DSB修复途径处理，包括可能导致染色体末端融合的非同源端连接(NHEJ)途径。

端粒与癌症的关系

在癌症发展过程中，人类端粒的缩短有两个相反的影响。一方面，端粒缩短可通过激活未受保护染色体端ATM和ATR激酶诱导的增殖阻滞作用发挥抑瘤作用；另一方面，端粒保护缺失会导致端粒危机，端粒危机是一种广泛的基因组不稳定状态，可以促进癌症的进展。

端粒研究文献汇总

前列腺癌

文章研究了392例局限性前列腺癌的端粒长度，并描述了其与基因组、转录组和蛋白组特征的关系。较短的肿瘤端粒长度与较高的基因组不稳定性有关，包括SNP、Indels和SV。

肝细胞癌

文章对1502例患者（978例HCC患者）的肿瘤和非肿瘤肝组织中的端粒长度进行了测量，并将其与肝癌的TERT改变和表达以及临床和分子（通过基因组、外显子、靶向和/或RNA序列分析）特征相结合。结果表明肝癌癌变过程中端粒的维持是多种多样的，并与肿瘤进展和侵袭性相关。

乳腺癌

文章分析了206名乳腺癌存活患者，这些患者都有抑郁症病史并已恢复。结果显示在目时没有抑郁症的乳腺癌存活者中，有终生抑郁症史的患者，尤其是有一生中抑郁症发作次数最多的患者，其端粒在24个月内的损耗最大。

结直肠癌

文章进行单细胞测序，研究肿瘤干细胞（CSC）中端粒长度和转录组评估原发性结直肠癌。部分结果显示，CSC维持较短的端粒，并且具有最小的端粒酶活性，这与它们的非增殖性质相一致。

以上小编列举了部分在肿瘤中的研究文章，并且文章都是基于真实世界的数据进行分析。那么问题来了，如果有小伙伴对这个方向非常感兴趣，但手里又没有数据该怎么办呢？办法这不就来了嘛，首次评估端粒相关基因在肾癌预后作用的文章来了，并且利用的是公共数据库的数据。文章于2022年9月16日发表，影响因子8.78。

下面我们来具体看看文章的分析流程

一、识别端粒相关差异基因

利用TCGA数据库和端粒基因数据库共同筛选端粒相关差异表达基因并进行WGCNA分析。结果显示这些基因聚集在6个模型中，MEgreen、MEturquoise、ME brown、MEblue、MEyellow和MEgrey模块。在这些模块中，由118个基因组成的ME-turquoise模块在正常肾脏和肾癌组织中表现出最显著的差异。

二、 端粒相关基因风险模型构建并评估患者预后

1、筛选端粒相关基因（TRGs）构建风险模型，并计算不同队列患者的风险评分，根据各队列的风险评分中位数将各队列患者分为高危组和低危组，发现高危组的患者在这五个队列中表现为较差的结果

2、此外，在这五个队列中，TRGs风险评分被证明是肾癌患者的独立预后因素

3、构建由患者年龄、临床分期、TRGs风险评分组成的nomogram单因素预测肾癌患者的总生存期

三、 风险评分系统评估TMB

高危组患者的TMB高于低危组（P=0.0023），此外，风险评分与TMB相关。

四、风险评分系统评估免疫状态

不同类型的免疫细胞在高危组和低危组肿瘤微环境中浸润率不同，同时分析了评分亚组中免疫亚型。

五、肿瘤相关基因风险模型可用于肿瘤治疗策略的选择

分析不同评分亚组之间的TIDE、MSI、exclusion score和治疗敏感性预测。

六、模型中肿瘤相关基因的RNA和蛋白表达情况

基于TCGA和CPTAC分别分析TRGs的转录组和蛋白水平的差异表达情况，并结合IHC和qRT-PCR结果进行验证。

总结

总的来说，目前在肿瘤中研究端粒相关基因的还是比较少的，纯生信的方式小编只找到了肾细胞癌这一篇，可谓是新鲜出炉。这样的话留给我们的探索的空间就很大了，我们可以利用公共数据库的数据在各个癌种中进行分析。因为目前只在肾细胞癌中进行了相关尝试，其他癌种可谓发一个少一个，先到先得，是时候拼手速了~