双兔傍地走，安能辨我是雄雌

物种驯化初期遗传背景的改变目前仍然知之甚少。文章构建了一个高质量的兔子的参考基因组，并对野兔和家兔进行了重测序，然后和参考基因组进行比较。文章鉴别出了100多处属于家兔的特异性的位点，但是大部分都是不稳定的SNP（不是fixed SNP，存在逆转的可能性）。在野兔和家兔之间存在差异的snp更多的位于非编码区，这说明驯化更多的在于调控，而不是特定的几个基因。另外通过富集分析研究得到跟大脑和神经相关的基因是刻意驯化的。文章最后结论是由于遗传背景较为复杂，兔子后者其他驯化物种身上的驯化行为更多的不是筛选某几个基因，而是整体上多位点的变化。

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野兔和家兔在行为、形态、生理和生殖上都有明显的变化。目前对于其遗传背景的变化并不是很清楚，但是可以猜想是家兔和野兔所处的环境的压力不同所导致的。

家兔的驯化是在法国南方的修道院，发生在大约1400年前，传说是因为天主教认为兔子不是肉而是鱼，可以被食。

兔子是研究驯化的天然的好材料，因为其起源地知道且尚在，另外其驯化的地点也清楚。尤其是其驯化的时间较近，驯化区域仍存在相关的活兔。

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利用Sanger测序测了一只雌性家兔，并对其进行了组装，基因组大小为2.66 Gb，组装contig N50 为64.7Kb，scaffold N50 为35.9Mb。

基因注释是利用Ensemble流程进行注释的，基因组注释的时候更多的利用了兔子的RNA转录组数据和人类的直系同源蛋白。

为了鉴定在驯化过程中处于选择的区域，我们对6只家兔、法国南部的3个野生的兔子和伊比利亚半岛的11只野兔进行了10x的测序。

另外还测了一种雪兔，用于减少背景影响。

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短片段比对用来寻找差异，鉴定出50百万的SNP和5.6百万的indel，这些变异位于编码区的有719911个，位于非编码区的有154489个。

野兔每个位点的核酸多态性评估其比例在0.6%到0.9%之间。因此兔子是目前已测序中多态性最高的哺乳动物。

通过群体平均的核酸多态性分析，其和驯化过程有很明显的变化，随着驯化的进行，核酸多态性降低。

选择清除分析研究筛选到GRIK2基因其在脑中高表达，SOX2基因编码的TF对于干细胞维持非常重要等。

富集分析筛选到的基因更多的和脑、神经相关，其GO注释结果如下

同时文章对筛选到的基因在不同的哺乳动物之间进行了SNP的比较，进行了功能验证。

研究表明，家兔和野兔之间更多的表型上的差异是因为驯化过程中对和大脑、神经发育相关基因靶向驯化的结果。另外由于兔子遗传背景较为复杂，其驯化过程并不是对特定的“驯化基因”进行筛选，而是整体基因组上多位点的微小变化引起的。

参考文献

Carneiro M, Rubin C J, Di P F, et al. Rabbit genome analysis reveals a polygenic basis for phenotypic change during domestication.[J]. Science, 2014, 345(6200):1074-9.