5+疾病网络药理学:反向GSEA

admin 7 2025-02-03 编辑

你是否还在为了迟迟无法推进的课题而发愁?是否还在为了搞科研搞到头秃而懊恼?是不是都开始怀疑自己的脑子不适合科研了?什么叫山重水复疑无路,什么叫柳暗花明又一村?同样的思路,你反过来想想,那就是一个新idea。GSEA基因集富集大家都很熟了吧,反向GSEA你有没有想过?药物重定向,也就是旧药新用,说白了也是反向思维。今天这篇文章用的就是这么个思路,基于网络药理学,利用反向GSEA来识别新的阿尔兹海默症治疗药物候选(别误会,旧药新用而已),图不多,逆向思维发了5分多的文章(Bioinformatics IF:5.61),确定不了解一下吗?

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Screening novel drug candidates for Alzheimer’s disease by an integrated network and transcriptome analysis通过整合的网络和转录组分析筛查阿尔兹海默症新型候选药物阿尔兹海默症(AD)作为一种严重的变性脑疾病,是痴呆症的最常见原因。但是目前尚无有效药物对症治疗。本文基于网络药理学,PPI网络,反向GSEA确定了24种潜在候选AD药物。

一、 材料方法:

1、数据集:KEGG、OMIM、Genotype Integrator数据库收集AD相关基因,DrugBank获取药物-靶点数据,STRING、PINA、HuRI数据库获取PPI互作数据。2、数据处理:基于距离衡量药物与AD的接近度(详细公式见参考文献),从LINCS获取药物治疗与相关基因表达数据集,构建反向GSEA。3、数据分析:使用了GSEA、cytoscape等方法。

二、结果:

1、文章整体真的不算复杂,第一个结果甚至连图都没有,描述了收集到的AD相关基因数目以及GO富集分析结果。2、第二个结果展示了药物靶点与AD相关蛋白的距离分布,目的是为了筛除与AD无关的药物,最终得到一千多个药物。

3、第三个结果便是通过反向GSEA鉴定出的24个药物的展示。

总结

是不是很诧异,这就没啦?就文章而言,确实只有三个结果,图倒是还有两张,都是流程图。纯生信,没有实验,是不是觉得自己又行了,普通非肿瘤研究这样就能发到5。是不是又燃起了科研的斗志,错过这一次,不知又要等多久,何不现在就行动!

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