1、CANOCO4.5包含以下几个模块，我们主要使用的是WCanoImp，Canoco for Windows 4.5，CanoDraw for Windows。

2、用WcanoImp将环境因子数据和OTU数据（或者物种信息）数据保存为Canoco需要的格式，具体如下。

环境因子信息如下，用excel打开：

OTU数据信息如下，同样用excel打开：

分别复制OTU和环境因子的数据，然后打开WcanoImp，如下图，如果我们的数据每一列是一个样品，则必须勾选OPTIONS中的Each column is a Sample，然后点击Save，需要自己填写个名字，我们可以把OTU数据保存为OTU.dta，环境因子数据保存为Env.dta，注意OTU的个数不能太多，否则后续的分析无法进行。 

3、以管理员身份运行Canoco for Windows 4.5，注意：一定要以管理员身份运行哦！

打开如下窗口，并点击新建一个项目，之后按照如下图示进行操作：

点击下一步，添加如下两个文件，注意由于Canoco4.5在Win7上兼容性不是特别好，所以该步中Canoco solution file name部分显示不完整，但还是需要填写一个名字的，这是一个中间结果的名字，一般会以sol结尾，然后一路“下一步”即可。

一路“下一步”后，到该界面，点击 Analyse即可，如果不提示错误，说明成功了。

4、用CanoDraw for Windows画图

上一步分析完成之后，CanoDraw变为可以点击了，我们点击它，开始作图。点击之后会弹出CanoDraw模块，还是首先需要给个名字，用于保存中间结果。

之后操作如下：

做出的图如下：

 我们可以把样品的编号和样品的分组信息按照如下方法添加上：

添加样品标号，点击Project ->Settings ->Appearance，把Sample labels修改为Names：

添加分组信息，如下图进行：

  添加好三个分组后，如下图：

点击OK后，返回的窗口中就出现了一个New classification，还要把下边的选项勾选上，否则该分类时不会生效的。

然后再重新作图，得到比较理想的CCA分析图，如下：

原文：http://liuwei441005.blog.163.com/blog/static/135705811201532031140198/

感谢关注