2017年4月27日Nature封面文章

admin 49 2025-02-10 13:21:44 编辑

题目:

A chromosome conformation capture ordered sequence of the barley genome

 

大麦大约于1万年前被驯化,自农业诞生以来一直是一种关键作物。在本期《自然》中,国际大麦基因组测序联盟(IBSC)的Nils Stein及同事报告了对这种重要谷物参照基因组的测序和组装。作者将BAC clones、光学图谱、Hi—C和遗传图谱结合起来,得到了大麦的参考基因组。具体指标如下:

 

此外此文还研究了大麦染色体的空间结构,是下面这样的。

 

作者还对96个优异的欧洲春大麦和冬大麦品系的外显子组进行了测序,并研究了它们的遗传多样性。

英文摘要:

Cereal grasses of the Triticeae tribe have been the major food source in temperate regions since the dawn of agriculture. Their large genomes are characterized by a high content of repetitive elements and large pericentromeric regions that are virtually devoid of meiotic recombination. Here we present a high-quality reference genome assembly for barley . We use chromosome conformation capture mapping to derive the linear order of sequences across the pericentromeric space and to investigate the spatial organization of chromatin in the nucleus at megabase resolution. The composition of genes and repetitive elements differs between distal and proximal regions. Gene family analyses reveal lineage-specific duplications of genes involved in the transport of nutrients to developing seeds and the mobilization of carbohydrates in grains. We demonstrate the importance of the barley reference sequence for breeding by inspecting the genomic partitioning of sequence variation in modern elite germplasm, highlighting regions vulnerable to genetic erosion

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