周二为大家介绍了一篇7.5分的免疫原性细胞死亡生信文章，只不过是去年11月份的，可能会有人担心现在去学习已经迟了。那么有没有22年最新的文章值得学习呢，或者弯道超车的技巧呢？答案是肯定的。今天为大家解析一篇今年四月份发表的免疫原性细胞死亡另类文章，轻松实现6分弯道超车。

文章主要内容

三阴乳腺癌（TNBC）是高度侵袭的乳腺癌类型，缺少特异生物标志物和药物靶点。损伤相关分子模式（DAMP）诱导了免疫原性细胞死亡，可能影响了TNBC患者免疫治疗。作者基于DAMP相关基因的表达水平建立了一个TNBC的亚型系统，能够用于预测患者预后和免疫治疗结局。

摘要部分

摘要从三个方面来书写：

一、TNBC研究进展

TNBC作为高度侵袭的乳腺癌亚型，具有很强的转移能力和早期复发，导致了大量的乳腺癌相关死亡事件。然而免疫治疗为转移性TNBC提供了潜在的长期生存结局。

二、免疫原性细胞死亡以及DAMP和传感受体与TNBC

免疫检查点抑制剂，作为TNBC最成功的免疫治疗药物，能够显著改善患者PFS和OS。临床前模型和临床实验已经表明诱导免疫原性细胞死亡能够增敏TNBC患者的免疫治疗，表明ICD生物标志物可能作为免疫治疗的预后标志物。

ICD的主要特征是免疫调控的损伤相关分子模式（DAMP）。先前的研究证实了DAMP在TNBC免疫治疗中的重要性。

许多固有免疫受体包含在DAMP介导的ICD中，与DAMP的相互作用对于ICD和抗肿瘤免疫是必要的。靶向DAMP传感受体可能为TNBC治疗提供了一个潜在的视角。

ICD相关DAMP对ICI的敏感性强烈依赖于免疫反应时间。尽管已经开发了大量的免疫相关生物标志物和预后模型来描述和量化TNBC的时间，但很少有人将ICD相关的DAMP和传感受体视为可操作的目标。

三、研究概述

当前研究全面分析了DAMP的基因特征，探索ICD相关的DAMP和传感受体对TNBC患者肿瘤免疫微环境（TIME）和生存的影响。构建了一个DAMP风险评分来评估DAMP和相关传感受体在TNBC患者中的预后价值。

材料方法部分

文章所使用的数据包括：复旦大学TNBC队列作为训练集，TCGA TNBC队列作为验证

方法核心为K-means识别分子亚型

DAMP相关基因来自先前的研究，一共32个，但是在数据中只有28个有表达（值得注意的一点是，和周二那篇文章相比，使用的基因集有6个交集）

结果部分

结果一共6个部分：

1.识别三类DAMP相关亚型

2.差异表达基因分析和功能分析

3.在复旦TNBC队列中比较DAMP亚型基因改变

4.三类患者表现出不同的免疫状态

5.TCGA队列中免疫表型得到验证

6.DAMP相关亚型能够预测免疫治疗结局

整体上来看，核心就是分子分型的识别和刻画。与周二那篇文章的两条故事性相比，精练了很多。

我们具体来看每个结果：

1.识别三类DAMP相关亚型

基于DAMP相关基因的表达水平，TNBC患者被分为nuclear DAMP，inflammatory DAMP和DAMP suppressed三类。

2.差异表达基因分析和功能分析

针对三类患者间的差异进行，进行了功能富集和GSEA

3.在复旦TNBC队列中比较DAMP亚型基因改变

三组患者间突变和拷贝数比较

4.三类患者表现出不同的免疫状态

比较了三类患者的免疫细胞，生存情况及免疫评分和免疫检查点表达水平

5.TCGA队列中免疫表型得到验证

针对三类患者的免疫表型，在TCGA中得到成功验证

6.DAMP相关亚型能够预测免疫治疗结局

通过探索MHC和免疫调节分子的差异，IPS差异发现inflammatory DAMP亚型具有最高的免疫治疗反应

总结

周二那篇文章，其实学起来会难一点，毕竟两条故事线。要是其中一条故事线没做好，直接舍弃又舍不得，放上吧又没啥用。但是今天这篇文章就非常不错，首先只有一条主线就是分子分型，不涉及任何模型，不需要纠结AUC到底有多高；其次，并不是直接研究ICD，而是ICD相关的DAMP。所以说，想超车，今天这篇文章是一个非常好的学习对象。