生信文章选刊-6月份HOT基因解读

为了帮助大家更好的了解生信领域的投稿概况，我们通过大数据分析对6月份PubMed上发表的467篇生信文章（包括预印本，letter和comment）进行了期刊和基因的分析总结。上一期小编带大家解读了生信论文发文量最多的五本期刊，不知道大家有没有心动呢？今天这一期小编为大家解读6月份生信论文中出现最多的五个基因。467篇生信论文中出现频次最多的基因依次是CD4, NLRC5, PTPN2,NLRP3及NOP16。

CD4基因主要在T淋巴细胞中表达，此外还在B细胞、巨噬细胞、粒细胞以及大脑的各个区域中表达。其编码的蛋白功能是启动或增强T细胞激活的早期阶段，并可能在中枢神经系统的感染性和免疫介导的疾病中作为间接神经元损伤的重要介质。在近期生信论文中出现频次最多可能因CD4已被证实参与冠状病毒生物学，并与新冠肺炎预后相关。对以CD4为关键词检索到的约一万篇论文分析发现，其发文增长速率高达90%，出现最多的疾病及表型依次为HIV，新型冠状病毒, 疫苗接种，乳腺癌及关节炎。出现最多的关键词依次为鳞状细胞癌，系统性红斑狼疮，干细胞移植，免疫浸润及肿瘤免疫微环境。

NLRC 5基因广泛表达于脾脏及淋巴结，在胃泌素细胞，T细胞及NK细胞中高表达。通过抑制NF - κ B活化和负调控I型干扰素信号通路，在细胞因子反应和抗病毒免疫中发挥作用。对以CD4为关键词检索到的278篇论文分析发现，出现最多的疾病及表型依次为压力应激，黑素瘤, 结直肠癌，关节炎及乳腺癌。出现最多的关键词依次为主要组织相容性复合物，免疫检查点抑制剂，长链非编码RNA，食管鳞状细胞癌及人类白细胞抗原。

PTPN2基因广泛表达于阑尾、淋巴结及其他25种组织，该基因编码的蛋白是蛋白 酪氨酸 磷酸酶 (PTP)家族的成员。PTP家族成员具有高度保守的催化基序，这对催化活性至关重要。PTPs被认为是调节多种细胞过程的信号分子，包括细胞生长、分化、有丝分裂周期和致癌转化。表皮生长因子受体和衔接蛋白Shc被报道为该PTP的底物，这表明在生长因子介导的细胞信号传导中起作用。对以PTPN2为关键词检索到的441篇论文分析发现，出现最多的疾病及表型依次为糖尿病，类风湿性关节炎, 溃疡性结肠炎，压力应激及白血病。出现最多的关键词依次为幼年特发性关节炎，非受体型磷酸酶，急性淋巴细胞白血病，炎症性肠病及表皮生长因子。

NLRP3基因编码含有pyrin结构域，核苷酸结合位点结构域和富含亮氨酸重复基序的pyrin样蛋白。该蛋白与细胞凋亡相关的斑点样蛋白（PYCARD/ASC）相互作用，后者含有半胱天冬酶募集结构域，是NLRP3炎症小体复合物的成员。这种复合物作为NF-kB信号传导的上游激活剂，它在炎症、免疫反应和细胞凋亡的调节中发挥作用。SARS-CoV 3a蛋白是一种跨膜孔形成病毒通道蛋白，已被证明可以通过在巨噬细胞中形成离子通道来激活NLRP3炎症小体。对以NLRP3为关键词检索到的近期的9000篇论文分析发现，出现最多的疾病及表型依次为脑损伤，糖尿病，脓毒症, 溃疡性结肠炎和中风。出现最多的关键词依次为急性肺损伤，NLRP3炎症小体通路，缺血再灌注损伤，急性肾损伤及Nlrp3炎症小体介导的细胞焦亡。

NOP16基因编码一种定位于核仁的蛋白质。该基因的表达是由雌激素和Myc蛋白诱导的，是乳腺癌患者生存不良的标志。对以NOP16为关键词检索到的近期的13篇论文分析发现，出现最多的疾病及表型依次为乳腺癌 ，前列腺癌 ，结直肠癌，压力应激及囊肿。出现最多的关键词依次为乳腺癌细胞，小干扰RNA，完整纤毛囊状线虫，Wd40蛋白超家族及结直肠癌细胞来源的外泌体。