NCBI原始数据极速上传

admin 3 2025-02-06 编辑

发文章,上传原始数据到NCBI的SRA数据库是必不可少的步骤,但是有时候原始数据过于庞大,上传速度让人急得难受,文章迟迟不能够发表!

面对如此尴尬的速度问题,小编今天给大家推荐急速上传的方式,保持每秒数M级别网速上传,而且是断点续传,不用担心断电造成的影响奥!

小编推荐用Aspera进行上传,同时应对数据压缩成gzip或者bzip2后上传。当然Aspera之前小编介绍过数据极速下载,见下面链接:

NCBI原始数据极速下载

那么如何利用此工具上传呢?

首先进入NCBI下面上面的SRA数据递交页面:

https://submit.ncbi.nlm.nih.gov/subs/sra/

1.Linux命令行版本的上传

点击上图中的Aspera Command-Line upload,可以采用Aspera命令行进行上传。

ascp -i <path/to/key_file> -QT -l100m -k1 -d <path/to/folder/containing files> subasp@upload.ncbi.nlm.nih.gov:uploads/1436791312@qq.com_DVkGRGeY

##其中红色部分是每个人不同的部分,这代表每个人在NCBI服务器数据上传的路径。注意这是每一个人根目录,后面可以继续加一个文件夹的名字,方便数据分类

##上传之前首先下载key文件,上面也给出了链接。然后每个参数的意思是:

<path/to/key_file>:下载key文件的绝对路径

-l100m :表示带宽100Mb,可以默认采用,数值越小越慢。

<path/to/folder/containing files>:指定一个所有需要上传数据的文件夹

注意上传数据的文件夹是临时文件夹,上传完毕后NCBI会自动清除掉。

2. Window电脑上传

下载 Aspera Browser plugin,在数据递交页面选择通过 I will upload all the files now via HTTP/Aspera递交即可。

最后还是要了解一下大家递交数据的困难情况,方便后续详细叙述递交步骤,欢迎大家投票、留言!

SRA递交数据难吗?

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