今天跟大家分享的是十一月份发表在frontiers in Oncology杂志上的一篇文章，这是一篇关于胃癌预后的文章。Identification of Subtype-Specific Three-Gene Signature for Prognostic Prediction in Diffuse Type Gastric Cancer弥漫性胃癌中亚类型特异的三基因特征的识别及预后预测一． 结果1. 在弥漫型和肠型胃癌中识别亚型特异的多基因特征在两种胃癌中筛选预后marker基因的过程如所示。首先使用GSE62254数据集，该数据集包含129个弥漫型胃癌，137个肠型胃癌样本，同时有临床信息和生存信息。作者分别对这两种亚型做差异表达分析，得到差异上调基因和差异下调基因（A）。接着作者在弥漫型胃癌的差异表达基因中挑出225个与预后相关的基因,在肠型中挑出10个候选基因（B），作者进一步将单因素COX回归分析与LASSO相结合最终筛选出10个marker（C,D）。进一步使用AIC在弥漫型中筛选出3个基因的特征（表1）。

 .分析流程

 .筛选marker基因

 表1.候选基因的cox分析 2. 在弥漫型和肠型胃癌中建立及评估预后预测Nomogram模型作者使用3个maker基因建立一个风险得分RS = [[ 0.2733 × EXP (CCL11)] + [0.1769 × EXP (COL4A5)] + [0.4744 × EXP (EMCN)]，每个患者都计算了RS，每个样本的RS分布、样本生存状态、训练集基因表达水平如A所示。接着根据RS进行生存分析（B）。接着将RS和其他临床因素比较，使用单因素多因素分析检验其独立性（表2）。然后用独立因素建立Nomogram模型（C）,对其进行评估（D）。

.风险得分的预测价值

 表2临床因素与风险得分的单因素多因素分析 3. 弥漫型和肠道型胃癌的独立分析进行外部验证为了评估3个基因与5个基因在两种胃癌中的预后价值，作者使用GEO数据进行外部验证。生存分析结果如A。作者观察到在外部数据中3个基因的预测结果同样显著。作者搜集了更多的GEO数据进行整合分析 ，结果如B所示。 

. 外部数据验证 4. 分析3个基因的特征在弥漫型胃癌中与临床病理学的相关性作者在这一步分析了3个基因的特征在弥漫型胃癌中与临床病理学的相关性（表3）。可以看出高得分与高等级、转移等显著相关，接着作者又对这三个基因中的每一个都分析了其与转移的关系（表4）。

 表3.3个基因的特征在弥漫型胃癌中与临床病理学的相关性

 表4.三个基因与转移的关系 5. 基因特征对弥漫型胃癌腹膜转移的影响腹膜转移是转移中的重要一步，因此在这一部分作者使用细胞系在预后特征中评估了3个基因与转移的关系，使用细胞系培养来看这3个基因中的每一个基因的转移情况，结果如所示。

. 3个基因转移的评估 6. COL4A5在弥漫型GC中激活Wnt信号通路，EMCN与弥漫型胃癌的腹膜转移有关EMCN激活 Integrins-FAK信号通路为了进一步探索转移机制，作者使用GSEA进行功能富集及分析，来研究这些基因在弥漫型胃癌中所涉及到的通路情况，结果如所示。最终发现6.COL4A5在弥漫型GC中激活Wnt信号通路。此外作者通过功能富集分析研究还发现EMCN与弥漫型胃癌的腹膜转移有关（），还发现其可以激活 Integrins-FAK信号通路（）。

. 功能富集分析

 . GSEA富集结果

 . EMCN激活 Integrins-FAK信号通路

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