在过去的两年里陆陆续续推出了很多可变剪切相关的文献、课程、项目，可变剪切总是在你以为它热度结束的时候卷土重来，今天小编给大家介绍一个2020年8月发布的数据库LncAS2Cancer，人类癌症相关的lncRNA可变剪切综合数据库。

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LncAS2Cancer: a comprehensive database for alternative splicing of lncRNAs across human cancers

LncAS2Cancer主要收集了5335个RNA测序和1826个单细胞RNA测序样本，涵盖了30多种癌症类型。通过应用六种最新的拼接算法（rMATS, MAJIQ, SEASTAR, Dapars, SUPPA2 and Brie），可以识别出八种拼接类型（Skipped exon(SE), Alternative 5′ splice site(A5SS), Alternative 3′ splice site(A3SS), Retained intron(RI), Mutually exclusive exons(MXE), alternative transcription start site(altTSS), alternative transcription termination site(altTTS) and complex splicing(ComplexAS) ）的50859个可变剪切事件并将其存储在数据库中。LncAS2Cancer包含以下信息：

（i）在七种不同条件下（例如基因干扰）的lncRNA剪接模式，有助于推断潜在的调控子；

（ii）从八种资源获得以及手动收集的注释信息，以了解受影响序列的功能影响；

（iii）生存分析以探索潜在的生物标志物

（iv）一套用于浏览，搜索，可视化和下载的工具。

下面就让我们来看看这数据库的真面目吧~

Home

Search

可以浏览或搜索lncRNA的可变剪切事件，可以使用不同的选项，例如lncRNA类型，替代剪接类型，疾病等。

检索方法：快速搜索，基本搜索，高级搜索和批处理搜索。

结果部分可以提供可变剪切事件的详细信息并下载。

Tools

输入序列以对LncAS2Caner中的其他剪接事件进行blast。

批量搜索，如基因名称，整合体ID，LncRNA类型，组织，疾病，细胞系，测序方法，AS类型，AS ID等等。

API获取数据。

Download

可以从GENCODE和FANTOM下载不同的替代剪接事件。

Submit

我们还将自己的数据提交到LncAS2Caner。

还有相关的Statistics和Help界面介绍该数据库包含的详细数据信息和帮助文档。

这么新的数据库还不赶快用起来~

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