2、遗传距离的计算

点击Mega操作主界面的“Distances”按钮，会弹出一个下拉菜单。如下图所示：

从上图易知，此菜单包括如下选项：“Choose Model”（选择模型，即选择计算遗传距离的模型）、“Compute Pairwise”（计算遗传配对差异）、“Compute Overall Mean”（计算包括所有样本在内的平均遗传距离）、“Compute With Group Means”（计算组内平均遗传距离）、“Compute Between Groups Means”（计算组间平均遗传距离）、“Compute Net Between Groups Means”（计算组间平均净遗传距离）、“Compute Sequence Diversity”（计算序列分歧度）。

“Compute Sequence Diversity”选项包括四个子菜单：“Mean Diversity Within Subpopulations”（亚群体内部平均序列多态性）、“Mean Diversity for Entire Population”（整个人群平均序列多态性）、“Mean Interpopulaional Diversity”（群体内部平均序列多态性）、“Coefficient of Differentiation”（遗传变异系数）。

点击“Choose Model”选项，会弹出如下操作界面：

从上述操作界面可以看出，通过此对话框可以选择计算遗传距离的模型等。

“Data Type”显示数据的类型：Nucleotide（Coding）（编码蛋白质的DNA序列）、Nucleotide（不编码蛋白质的DNA序列）、Amino Acid（氨基酸序列）。

通过“Model”选项可以选择，计算遗传距离的距离模型。点击“Model”一行末端的按钮会弹出一选择栏。

如上图所示，对于非编码的核苷酸序列Mega程序提供了八种距离模型：“Number of Difference”（核苷酸差异数）、“P-distance”（P距离模型）、“Jukes-Cantor”（Jukes和Cantor距离模型）、“Kimura 2-Parameter”（Kimura双参数模型）、“Tajima-Nei”（Tajima和Nei距离模型）、“Tamura 3-parameter”（Tamura 三参数模型）、“Tamura-Nei”（Tamura和Nei距离模型）、“LogDet（Tamura kumar）”（对数行列式距离模型）。

对于编码的核苷酸序列，其遗传距离模型如下图所示：

如上图所示，对于编码蛋白质的DNA序列，Mega程序提供了一下几种模型：“Nei-Gojobori Method”，“Modified Nei-Gojobori Methoed”、“Li-Wu-Luo Method”、“Pamilo-Bianchi-Li Method”、“Kumar Method”。其中Nei-Gojobori方法和修正的Nei-Gojobori方法都包含三种距离模型：“Number of Differences”、“P-distance”、“Jukes-Cantor”。对于氨基酸序列，Mega所提供的遗传距离模型如下图所示：

如上图所示，对于氨基酸序列，Mega程序提供了一下六种遗传距离模型：“Number of Differences”（氨基酸差异数）、“P-distance”（P距离模型）、“Poisson Correction”（泊松校正距离模型）、“Equal Input”（等量输入距离模型）、“PAM Matrix（Dayhoff）”（PAM距离矩阵模型）、“JTT Matrix（Jones-Taylor-Thornton）”（JTT距离矩阵模型）。

在“Analysis Preference”操作界面中，“Pattern Among Lineages”仅提供了一个选项：“Same”“，也就是说样本之间是有一定同源性的。“Rates among sites”提供了两个选项：“Uniform Rates”和“Different（Gamma Distributed）”。“Uniform Rates”意味着所有序列的所有位点的进化速率是相同的。选择“Different（Gamma Distributed）”，意味着序列位点之间的进化速率是不相同的，可以利用Gamma参数来校正，系统提供了四个数值可供选择：2.0、1.0、0.5、0.25；软件使用者也可以自行决定Gamma参数的大小。设置完毕后，在此界面中点击“OK”按钮，即可返回Mega操作主界面。

选择主操作界面“Distance”中的“Compute Pairwise”选项，可以计算样本之间的遗传距离的大小，其操作界面如下图所示：

“Data Type”显示数据的类型，图中为“Nucleotide”。

“Analysis”显示计算分分析的类型，图中为“Pairwise Distance Calculation”（配对差异距离计算）。

“Compute”显示所要运行的对象，又两个选项：“Distance only”（仅计算遗传距离）和“Distance&Std.Err”（计算遗传距离和其标准误）。

“Include Sites”显示利用哪些位点来计算，如果数据类型是不编码蛋白质的核苷酸序列，则全部参与计算，如果是编码蛋白质的核苷酸序列，则可以选择哪些位点（如密码子的第2位等）来参与运算。

“Substitution Model”是替代的模型 ，在下边“Model”中可以进行选择。

“Substitutions to Inclued”选择哪些替代类型（如下图所示）被用于运算，d选项将转换和颠换全部包括在内，s选项仅包括转换，v选项仅包括颠换，R为转换和颠换的比值，L为所有有效的普通位点的个数。

“Pattern among Lineages”和“Rates among sites”上文已有介绍，不再详述。

未完待续